Para que llegue el tren a Alajuela Incofer deberá sustituir la línea férrea actual de Heredia a Alajuela, de unos diez kilómetros de longitud, los rieles están deteriorados y no se pueden reutilizar, además se debe construir dos puentes en el cantón de Flores. Pese a esto, la idea de que el tren llegue a Alajuela en el 2013 sigue viva en los planes de Instituto.