El nuevo proyecto del tren eléctrico presentado por el Instituto Costarricense de Ferrocarriles (Incofer) la semana anterior eliminó 10 pasos a desnivel que estaban en la propuesta anterior, en las dos líneas hacia Alajuela y Cartago.

Esto significa que en estos puntos de la vía férrea el tren seguirá estando a nivel de calle. Esto se traduce en interrupciones al tránsito vehicular y la exposición de los vagones a accidentes y otros inconvenientes. El estudio del tren de la administración anterior concluyó que era necesario desnivelar 20 intersecciones del tren en todas las cinco líneas que contemplaba. Posteriormente, el Ministerio de Obras Públicas y Transportes (MOPT) agregó otros nueve cruces que iban a tener un nivel de servicio comprometido si el tren pasaba a nivel de calle. Esto sumaba 29 sitios, pero solo 21 eran de las líneas hacia Alajuela y Cartago. Esta lista terminó en 18 cruces finales en esas dos líneas.